Eredetileg két hajónak kellett volna elindulnia. A másik, Speedwell nevű hajónak azonban komoly szivárgása volt, és a zarándokok kénytelenek voltak további több utast beszorítani a Mayflowerre.
Mivel a Mayfloweren nagyon sokan voltak, az út ideje alatt nem volt elegendő vízük. Sok ember rosszul lett a víz és a táplálék hiánya miatt.
A hajó sok vihart elviselt. Az egyik vihar olyan súlyos volt, hogy az egyik főgerenda megrepedt.