Oorspronkelijk moesten twee schepen vertrekken. Het andere schip, de Speedwell genaamd, had echter een groot lek en de Pilgrims werden gedwongen veel extra passagiers op de Mayflower te proppen.
Omdat er zoveel mensen op de Mayflower waren, hadden ze lang niet genoeg water voor de duur van de reis. Veel mensen werden ziek door gebrek aan water en voeding.
Het schip heeft veel stormen doorstaan. Een van de stormen was zo hevig, dat een van de hoofdbalken hierdoor barstte.