Sākotnēji bija paredzēts, lai brauktu divi kuģi. Tomēr otram kuģim, ko sauca par Speedwell, bija nopietna noplūde, un svētceļnieki bija spiesti pie Mayflower piestumt vēl daudzus pasažierus.
Tā kā Mayflower bija tik daudz cilvēku, ceļojuma laikā viņiem nepietika gandrīz ar ūdeni. Daudzi cilvēki saslima ūdens un uztura trūkuma dēļ.
Kuģis izturēja daudzas vētras. Viena no vētrām bija tik stipra, ka izraisīja viena no galvenajām sijām plaisu.