À l'origine, deux navires étaient censés mettre les voiles. Cependant, l'autre navire, appelé Speedwell, a eu une fuite importante et les pèlerins ont été forcés d'entasser de nombreux passagers supplémentaires sur le Mayflower.
Comme il y avait tellement de monde sur le Mayflower, ils n'avaient pas assez d'eau pour la durée du voyage. De nombreuses personnes sont tombées malades en raison du manque d'eau et de nourriture.
Le navire a subi de nombreuses tempêtes. L'une des tempêtes était si grave qu'elle a fait craquer l'une des poutres principales.