Originalmente, dois navios deveriam zarpar. No entanto, o outro navio, chamado Speedwell, teve um grande vazamento e os peregrinos foram forçados a amontoar muitos passageiros adicionais no Mayflower.
Como havia tantas pessoas no Mayflower, elas não tinham água suficiente para a duração da viagem. Muitas pessoas adoeceram devido à falta de água e nutrição.
O navio suportou muitas tempestades. Uma das tempestades foi tão forte que quebrou uma das vigas principais.