La Federación tiene por objeto favorecer, estrechar y fortalecer la unidad de sus integrantes y sus acciones, en ningún caso sustituirán o duplicarán las atribuciones y funciones de éstos. En caso de que se considere que las acciones de la Federación invaden la esfera de competencia de alguno de sus integrantes prevalecerán las de éste último sobre las de la Federación.
El fortalecimiento de los principios de autonomía, independencia y autoridad moral de los organismos públicos de protección de los derechos humanos, a fin de impulsar una eficaz y expedita protección y defensa de los derechos fundamentales.
Brindar, en la medida de sus posibilidades, apoyo económico, de gestión material o técnico a sus asociados, para elaborar y llevar a cabo programas destinados a la promoción y protección de los derechos fundamentales.
Establecer fomentar acciones de coordinación, de alcance nacional e internacional, tendentes a la protección, investigación académica, estudio, promoción, observancia, divulgación y difusión de los derechos humanos.
Establecer mecanismos de cooperación entre los diversos organismos de protección y defensa de los derechos humanos.Organizar eventos nacionales e internacionales como congresos, asambleas, sesiones, reuniones, conferencias, foros y debates con la finalidad de fortalecer la cultura en materia de derechos humanos.
Diseñar y desarrollar programas de capacitación y actualización para servidores y servidoras públicos, prioritariamente de los organismos de protección de los derechos humanos.