Başlangıçta iki geminin yelken açması gerekiyordu. Bununla birlikte, Speedwell adı verilen diğer gemide büyük bir sızıntı vardı ve Hacılar, Mayflower'a birçok ek yolcuyu tıkmak zorunda kaldılar.
Mayflower'da çok fazla insan olduğu için, yolculuk boyunca neredeyse yeterli suya sahip değillerdi. Su ve beslenme eksikliği nedeniyle birçok insan hastalandı.
Gemi birçok fırtınaya göğüs gerdi. Fırtınalardan biri o kadar kötüydü ki, ana ışınlardan birinin çatlamasına neden oldu.