Neste caso, se o alelo para os olhos for herdada com o cromossomo X, aparecerá sempre nos machos mesmo se recessivo. A simbologia associada foi um X+ para alelo selvagem de olhos vermelhos e o Xw para os alelo de olhos brancos.
Morgan cruzou fêmeas de olhos brancos com machos de olhos vermelhos. Com este cruzamento ele concluiu que se a transmissão do alelo para a cor dos olhos estava associada a um cromossomo sexual.
Se o alelo para a cor branca fosse recessivo seria de esperar que uma fêmea de olhos brancos fosse homozigótica recessiva. Se por sua vez estivesse associado ao cromossomo X a hereditariedade do alelo para a cor dos olhos, num cruzamento desses seria de esperar que todos os machos apresentassem olhos brancos dado receberem via gameta materno o alelo Xw. Da mesma forma, seria de esperar que todas as fêmeas tivessem olhos vermelhos uma vez que receberiam dos gametas maternos o alelo dominante X+ e dos gametas maternos o alelo recessivo Xw.
Com os resultados obtidos, Thomas Morgan entendeu que o gene responsável pela cor dos olhos das moscas estaria localizado no cromossomo X. As suas experiências foram fundamentais para mostrar experimentalmente a Teoria Cromossômica da Hereditariedade.
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