Originalmente se suponía que zarpaban dos barcos. Sin embargo, el otro barco, llamado Speedwell, tenía una fuga importante y los Pilgrims se vieron obligados a abarrotar a muchos pasajeros adicionales en el Mayflower.
Como había tanta gente en el Mayflower, no tenían agua suficiente para la duración del viaje. Mucha gente se enfermó debido a la falta de agua y nutrición.
El barco soportó muchas tormentas. Una de las tormentas fue tan fuerte que hizo que una de las vigas principales se agrietara.