Iš pradžių turėjo išplaukti du laivai. Tačiau kitame laive, vadinamame „Speedwell“, įvyko didelis nuotėkis, ir piligrimai buvo priversti sukrauti daug papildomų keleivių ant „Mayflower“.
Kadangi „Mayflower“ buvo tiek daug žmonių, kelionės metu jie neturėjo beveik pakankamai vandens. Daugelis žmonių susirgo dėl vandens ir mitybos trūkumo.
Laivas ištvėrė daug audrų. Viena iš audrų buvo tokia bloga, kad nulaužė vieną iš pagrindinių sijų.