In origine si supponeva che due navi avrebbero dovuto salpare. Tuttavia, l'altra nave, chiamata Speedwell, ebbe una grave perdita ei Pilgrims furono costretti a stipare molti passeggeri aggiuntivi sulla Mayflower.
Dato che c'erano così tante persone sul Mayflower, non avevano quasi abbastanza acqua per tutta la durata del viaggio. Molte persone si sono ammalate a causa della mancanza di acqua e nutrimento.
La nave ha sopportato molte tempeste. Una delle tempeste è stata così violenta che ha causato la rottura di una delle travi principali.