פרחים לאלג'רנון הוא סיפור נוגע ללב על אדם בשם צ'רלי, שנבחר לניסוי המציע לו את ההזדמנות להפוך ל"חכם", המשאלה העמוקה ביותר שלו בחיים. הרומן מעלה מספר נושאים ושאלות חשובות, כולל האתיקה של ניסויים אנושיים, התעללות בבעלי מוגבלויות שכלית בחברה, והקשר בין אינטלקט ואינטראקציות אנושיות.
צ'רלי גורדון, בן 32 ו התפתחותית נכים עם מנת משכל של 68, נבחר עבור ניתוח ניסיוני בכדי לפתח את השכלתנו שלו. ההליך כבר עבד על עכבר בשם אלג'רנון, והרופאים אופטימיים כי היא תהיה מוצלחת עבור צ'רלי, מדי.
רגע השיא
הניתוח הוא הצלחה, זיקוקי המודיעין של צ'ארלי. עם זאת, הוא מגלה כי האינטליגנציה הרגשית שלו לא עמדה בקצב עם האינטלקט הנפשי שלו. הוא מבין שהוא כבר טיפל באכזריות על ידי "חברים" שלו במאפייה, ואחרים לאורך חייו.
ACTION נופל
צ'ארלי עוזב את עבודתו במאפייה משום שהאחרים מתייחסים אליו באופן מוזר עכשיו, ועם הפחד. הם לא מבינים את השינוי שקורה צ'רלי. צ'רלי לומד כל כך הרבה מידע כי הוא במהירות עולה רופאיו. הוא מפתח תחושה של קירבה עם אלג'רנון, ומרגיש יותר ויותר מנוכר האנשים שהוא מקיים אינטראקציה עם, כולל אליס.
רזולוציה
צ'רלי נלקח כנס מדעי בשיקגו, שם הוא אלגרנון שמתבצעים לראווה. צ'רלי הופך מוטרד יותר ויותר ככל שהם מראים סרטים ותמונות של אותו בראיונות מוקדם, בו הוא לא היה מודע. הוא ממריא עם אלגרנון חזרה לניו יורק. אלג'רנון בקרוב מתחיל לסגת, וצ'רלי מבין שהוא אין שמאל הרבה זמן.
צ'ארלי אלגרנון לחזור למעבדה, שם צ'ארלי ממשיך במחקריו מסביב לשעון. הוא מסיים את יחסיו עם פיי. אלג'רנון מת, וצ'רלי הולך לבקר את אמו ואחותו. הוא מוצא את אמו היא סנילי, ואחותו נורמה היא המטפלת שלה. הוא ונורמה ליישב, כמו צ'רלי יודע שהוא לא יהיה מסוגל למלא את התפקיד "האח הגדול" עוד הרבה זמן.
צ'ארלי רוז לבסוף להגשים את יחסיהם לפני הרגרסיה של צ'רלי מחמיר הם מבלים כמה שבועות ביחד לפני מצבי הרוח של צ'ארלי לבסוף לגרש אותה. התיאום, האיות, הדקדוק שלו מתחילים להחמיר, משאלתו האחרונה כשהוא מסיים דו"ח ההתקדמות האחרון שלו לפני שהוא הולך לחיות במעון וורן הוא שמישהו הניח פרחים על קברו של אלג'רנון.