Ursprungligen skulle två fartyg segla. Emellertid hade det andra fartyget, kallat Speedwell, en stor läcka och pilgrimer tvingades klämma in många ytterligare passagerare på Mayflower.
Eftersom det var så många människor på Mayflower hade de inte nästan tillräckligt med vatten under resans gång. Många blev sjuka på grund av brist på vatten och näring.
Fartyget uthärdade många stormar. En av stormarna var så dålig att den fick en av huvudstrålarna att spricka.