Původně měly vyplout dvě lodě. Druhá loď s názvem Speedwell však měla zásadní únik a poutníci byli nuceni nacpat na Mayflower mnoho dalších cestujících.
Vzhledem k tomu, že na Mayflower bylo tolik lidí, neměli po dobu cesty téměř dost vody. Mnoho lidí onemocnělo kvůli nedostatku vody a výživy.
Loď vydržel mnoho bouří. Jedna z bouří byla tak špatná, že způsobila prasknutí jednoho z hlavních paprsků.