Opprinnelig skulle to skip sette seil. Imidlertid hadde det andre skipet, kalt Speedwell, en stor lekkasje, og pilegrimene ble tvunget til å presse mange ekstra passasjerer på Mayflower.
Siden det var så mange mennesker på Mayflower, hadde de ikke nesten nok vann hele turen. Mange ble syke på grunn av mangel på vann og ernæring.
Skipet tålte mange stormer. En av stormene var så ille at den fikk en av hovedbjelkene til å sprekke.